由于新型肥料的生产方面，国家的准入门槛很低，“一根棍子一口锅，顷刻就是一吨多”广被业内人士所诟病；大量肥企涌入市场，导致肥料生产企业良莠不齐：除从始至终坚持做肥料的企业外，很多农药企业也开始跻身肥料生产行业。

  市场产品同质化严重，很多企业陷入了拼指标、拼含量、拼价格、拼销售概念的困局。一方面，一些肥企存活困难，想要提升自身产品的质量、服务举步维艰；另一方面，由于肥料供应链条太长，终端农户购买肥料价位虚高，农产品价位起伏不定，又极大地影响了农民从事农业的积极性。当然，除此外还有其它的因素影响着新型肥料的推广。

  不同作物有不一样的营养喜好。对于放眼全国市场的企业来说，他们生产肥料时，着眼点仅仅在于是不是满足国家标准，久存质量能否保持稳定，是否有宣传亮点，而对市场的深耕度明显不足。同一款肥料在应对不一样的区域、不同作物、不同施肥习惯的种植户时，明显力不从心。

  水溶肥料生产设备、有机肥料生产设备、生物肥料生产设备、复合肥料生产设备没有丝毫相同之处，同一家企业在生产肥料时，很难实现提供作物营养、增加土壤微生物、改良土壤等多种功能的肥料。产品链的缺失，导致企业只能以产品为导向设计作物营养施肥方案，而非以作物营养解决方案为基础设计施肥方案，因此导致研发与应用脱节。

  现阶段肥料的流通渠道为：成品——工厂库房——省级批发商——市级批发商——县级批发商——乡镇批发商——用户。流通环节长，从生产备货到终端用户手中，所需时间非常长，过期、出现质量上的问题的产品比比皆是。尤其是长期存放极易变质的微量元素亚铁离子、活体微生物肥料，长期存放肥效难以保证。

  在面对企业专业的营销工作人员时，终端农资店对企业所提供的肥料品质的辨识度明显不足，导致零售店的假货层出不穷，零售店销售导向唯利是图，造成种植户损失的事件多有发生，更加激化了种植户与农资零售店之间的矛盾。

  激烈的市场之间的竞争，导致了过度的市场服务，赊销成了最低级的主要竞争手段，还没到使用化肥的时候，卖农资的都给你送到家了，也不管你愿意不愿意，直接给你卸家里，连欠条也不用打，一律年底再收钱。给农户送到家赊销给他们肥料的排队呢！赊出去的是钱，要回来的是气和风险。农户害怕买到假农资，那就先赊销，见效后再说吧。可并不是所有的农资产品都是立马见效的，所以扯皮现象也是时有发生。农户欠农资店，农资店欠公司，逐步提升了肥料产品的流通成本。

  在肥料生产中，尤其是叶面肥的生产中，肥料包装成本几乎等于原料成本，而在田间地头大量废弃的肥料包装也给农村环境带来非常大隐患，企业耗时费力精心设计、农户花费高额成本购买的包装却成为了环境的主要污染源之一。